Разбираем каждую папку по отдельности: за что отвечает, что в неё класть нельзя и почему слои зависят друг от друга только в одну сторону. Создаём дерево до появления кода.

Плоская, слоистая, по фичам, гексагональная, чистая архитектура и модульный монолит. Что за каждой стоит, где она ломается и как выбрать под свой проект, а не под моду.